Thế kỷ 16 chứng kiến sự lớn mạnh của Miến Điện, dưới một triều đại hiếu chiến, đã chiếm lấy Chiang Mai và Lào và gây chiến với Xiêm La. Năm 1569 các đội quân Miến Điện, liên minh với phiến quân Thái - phần lớn là người của hoàng tộc Xiêm La, đã đoạt được thành Ayutthaya và đưa cả hoàng gia qua Miến Điện. Dhammaraja (1569-90), một thống đốc người Xiêm trước đó đã giúp đỡ quân Miến Điện đã được dựng lên ngôi vua chư hầu ở Ayutthaya. Sự độc lập của Xiêm La đã được con trai ông là vua Naresuan (1590-1605) tái lập. Naresuan đã chống lại Miến Điện và đến năm 1600 đã đẩy lùi Miến Điện khỏi Xiêm La.

Quyết tâm phòng tránh một sự phản quốc như cha mình đã làm, Naresuan đã tổ chức cơ cấu hành chính của đất nước trực tiếp dưới triều đình tại Ayutthaya. Ông đã chấm dứt lệ trước đó là chỉ định các hoàng thân cai trị các tỉnh của Ayutthaya mà thay vào đó là bổ nhiệm các quan chức triều đình thi hành các quyết định do vua ra chỉ dụ. Từ đó, các hoàng thân chỉ được giới hạn trong kinh thành. Các cuộc đấu tranh của các hoàng thân tiếp tục nhưng nằm dưới sự kiểm soát chặt chẽ của vua.